GHADAFIPOBIA

Kamis, 07 Februari 2013

Ciri Khas Lithium

1. Lithium dapat menunjukkan karakter kovalen yang besar, dikarenakan memiliki Polarising Power yang besar pada ion Li+

2. Lithium membentuk oksida normal ketika dibakar dalam oksigen dimana anggota Grup I yang lain membentuk peroksida dan superoksida

3. Lithium adalah satu-satunya logam alkali yang membentuk sebuah nitrida (Li3N) ketika dipanaskan dalam nitrogen dan juga membentuk sebuah karbida (Li2C2) ketika dipanaskan dengan graphite

4. Beberapa garam Lithium seperti Karbonat, Phospat, dan Flourida mempunyai kelarutan yang sangat rendah dalam air. Kristal garam Lithium yang lain membentuk Hidrat (Higroskopik)

5. Lithium membentuk banyak senyawa organometalic yang stabil

6. Lithium nitrat terurai secara langsung menjadi oksida sedangkan yang lain membentuk MNO2 (M=Na, K, Rb, dan Cs)

7. Lithium hidrat stabil meskipun dipanaskan sampai 900C sedangkan yang lain terurai diatas suhu 400C

Video Reaksi Lithium dengan Air

Source : http://www.youtube.com/

Inorganic Chemistry by Atkins and Harve

Minggu, 27 Januari 2013

Lomba Karya Ilmiah Berbasis ICT

Senin, 21 Januari 2013

Molecular docking merupakan suatu metode komputasi yang digunakan untuk menggambarkan interaksi antara suatu molekul sebagai ligan dengan suatu reseptor atau protein. Reseptor atau target pada proses docking dapat diperoleh dari hasil eksperimen seperti NMR dan Kristalografi Sinar X ataupun hasil homologi modeling. Molecular docking sebagai salah satu metodologi dalam structure-based virtual screening, dimulai pada awal tahun 1980-an. Secara umum, tujuan dari studi docking adalah membuat pemodelan struktur yang akurat dan prediksi aktivitas yang tepat.

Pada proses docking, molekul-molekul yang terlibat dapat dianggap sebagai atom-atom, permukaan, atau grid yang mewakili molekul tersebut. Proses docking terdiri atas beberapa tahap yang kompleks. Proses ini diawali dengan penerapan docking algorithm yang memposisikan ligan pada sisi aktif dengan konformasi tertentu dan urutan pencarian konformasi tertentu, kemudian scoring function yang melengkapi docking algorithm akan mengevaluasi konformasi dengan melakukan perhitungan berdasarkan sifat fisikokima untuk memperoleh struktur molekul yang optimal. Berdasarkan proses tersebut, suatu program molecular docking merupakan kombinasi dari scoring function dan docking algorithm.

Source : Arry. http://kombiomed.blogspot.com/2011/10/dc-molecular-docking.html. diakses pada tanggal 21-01-2013

Berbagai Bentuk Visual Dengan Software Yasara

Visualisasi Hasil Docking Menggunakan Pymol

Rabu, 16 Januari 2013

Validasi Metode Docking Senyawa Anti Radang (SC-558)

Preparasi Protein dan Ligan

Dalam pelatihan kali ini saya akan memprediksikan bagaimana posisi (SC-558) yaitu senyawa anti radang. Dan bagi para pembaca diharuskan sudah mempunyai software Yasara pada komputernya.
Tahap-tahap yang harus dilalui :
1. Menemukan file 6COX.pdb (artinya dalam format pdb), atau dengan kata lain kita bisa mengunduh filenya di internet sesuai dengan senyawa yang akan kita dockingkan.
2. File > Load > Pilih 6COX.pdb
3. Hapus Sistem yang tidak perlu(Dalam gambar di Yasara kita delete semua molekul B yang ada sehingga hanya menyisakan 3 molekul A, Gambarnya sebagai berikut :

4. Molekul A yang tengah didelete
5. Menyisakan 2 molekul A, molekul A yang terletak paling bawah terdiri dari "Hem" dan "S58",

6. Ditambahkan Hydrogen, Edit > Add > Hydrogen to : All, Gambarnya sebagai berikut :

7. Disimpan file sebagai Yasara Object, File > Save as > Yasara Object > Filename : 6COX.yob
8. Delete Ligan asli (Untuk menyisakan protein target saja), Edit > Delete > Residue > Pilih nama S58 > Pilih All

9. Disimpan sebagai protein.mol.2, File > Save as > Other Format
10. File > New > Klik yes
11. File > Load > Yasara Object > Browse file 6COX.yob
12. Edit > Delete > Residue
13. Seperti perintah No.8 (ditambah negate name diaktifkan/dicentang)
14. Disimpan sebagai ref_ligand.mol2

To be Continued......
Source : Purnomo, Hari. 2011. Kimia Komputasi. Pustaka Belajar: Yogyakarta