Validasi Metode Docking Senyawa Anti Radang (SC-558)

Preparasi Protein dan Ligan

Dalam pelatihan kali ini saya akan memprediksikan bagaimana posisi (SC-558) yaitu senyawa anti radang. Dan bagi para pembaca diharuskan sudah mempunyai software Yasara pada komputernya.
Tahap-tahap yang harus dilalui :
1. Menemukan file 6COX.pdb (artinya dalam format pdb), atau dengan kata lain kita bisa mengunduh filenya      di internet sesuai dengan senyawa yang akan kita dockingkan.
2. File > Load > Pilih 6COX.pdb
3. Hapus Sistem yang tidak perlu(Dalam gambar di Yasara kita delete semua molekul B yang ada sehingga hanya menyisakan 3 molekul A, Gambarnya sebagai berikut :

4. Molekul A yang tengah didelete
5. Menyisakan 2 molekul A, molekul A yang terletak paling bawah terdiri dari "Hem" dan "S58",

6. Ditambahkan Hydrogen, Edit > Add > Hydrogen to : All, Gambarnya sebagai berikut :

7. Disimpan file sebagai Yasara Object, File > Save as > Yasara Object > Filename : 6COX.yob
8. Delete Ligan asli (Untuk menyisakan protein target saja), Edit > Delete > Residue > Pilih nama S58 > Pilih All

9. Disimpan sebagai protein.mol.2, File > Save as > Other Format
10. File > New > Klik yes
11. File > Load > Yasara Object > Browse file 6COX.yob
12. Edit > Delete > Residue
13. Seperti perintah No.8 (ditambah negate name diaktifkan/dicentang)
14. Disimpan sebagai ref_ligand.mol2

To be Continued......
Source : Purnomo, Hari. 2011. Kimia Komputasi. Pustaka Belajar: Yogyakarta