Lomba Karya Ilmiah Berbasis ICT

Molecular Docking

Molecular Docking

Molecular docking merupakan suatu metode komputasi yang digunakan untuk menggambarkan interaksi antara suatu molekul sebagai ligan dengan suatu reseptor atau protein. Reseptor atau target pada proses docking dapat diperoleh dari hasil eksperimen seperti NMR dan Kristalografi Sinar X ataupun hasil homologi modeling. Molecular docking sebagai salah satu metodologi dalam structure-based virtual screening, dimulai pada awal tahun 1980-an. Secara umum, tujuan dari studi docking adalah membuat  pemodelan struktur yang akurat dan prediksi aktivitas yang tepat.

Pada proses docking, molekul-molekul yang terlibat dapat dianggap sebagai atom-atom, permukaan, atau grid yang mewakili molekul tersebut. Proses docking terdiri atas beberapa tahap yang kompleks. Proses ini diawali dengan penerapan docking algorithm yang memposisikan ligan pada sisi aktif dengan konformasi tertentu dan urutan pencarian konformasi tertentu, kemudian scoring function yang melengkapi docking algorithm akan mengevaluasi konformasi dengan melakukan perhitungan berdasarkan sifat fisikokima untuk memperoleh struktur molekul yang optimal. Berdasarkan proses tersebut, suatu program molecular docking merupakan kombinasi dari scoring function dan docking algorithm.

Source : Arry. http://kombiomed.blogspot.com/2011/10/dc-molecular-docking.html. diakses pada tanggal 21-01-2013

Berbagai Bentuk Visual Dengan Software Yasara

Visualisasi Hasil Docking Menggunakan Pymol

Validasi Metode Docking Senyawa Anti Radang (SC-558)

Preparasi Protein dan Ligan

Dalam pelatihan kali ini saya akan memprediksikan bagaimana posisi (SC-558) yaitu senyawa anti radang. Dan bagi para pembaca diharuskan sudah mempunyai software Yasara pada komputernya.
Tahap-tahap yang harus dilalui :
1. Menemukan file 6COX.pdb (artinya dalam format pdb), atau dengan kata lain kita bisa mengunduh filenya      di internet sesuai dengan senyawa yang akan kita dockingkan.
2. File > Load > Pilih 6COX.pdb
3. Hapus Sistem yang tidak perlu(Dalam gambar di Yasara kita delete semua molekul B yang ada sehingga hanya menyisakan 3 molekul A, Gambarnya sebagai berikut :

4. Molekul A yang tengah didelete
5. Menyisakan 2 molekul A, molekul A yang terletak paling bawah terdiri dari "Hem" dan "S58",

6. Ditambahkan Hydrogen, Edit > Add > Hydrogen to : All, Gambarnya sebagai berikut :

7. Disimpan file sebagai Yasara Object, File > Save as > Yasara Object > Filename : 6COX.yob
8. Delete Ligan asli (Untuk menyisakan protein target saja), Edit > Delete > Residue > Pilih nama S58 > Pilih All

9. Disimpan sebagai protein.mol.2, File > Save as > Other Format
10. File > New > Klik yes
11. File > Load > Yasara Object > Browse file 6COX.yob
12. Edit > Delete > Residue
13. Seperti perintah No.8 (ditambah negate name diaktifkan/dicentang)
14. Disimpan sebagai ref_ligand.mol2

To be Continued......
Source : Purnomo, Hari. 2011. Kimia Komputasi. Pustaka Belajar: Yogyakarta

Gambar Perilaku Molekul

Beberapa perilaku molekul dalam software molcad :

1. 3D Slicing Plane

2. Channel Detection

3. Motion Blur

4. Complex Scenes

5. Depth of Field

6. Docking

7. Electric Fieldlines

8. Isosurfaces

9. Molecular Surface

10. Orbitals

11. Separating Surface

12. Simplification

13. Slicing Plane

14. Volume Rendering

15. Clipping Planes

16. 2D Texture Mapping

17. MD Trajectories

18. Cones

Source : http://www.molcad.de/competence/modeling.html.en

Tagalog Part 2

1. Salamat = thank you
2. Kamusta? = how are you?
3. Oo = yes
4. Hindi = no
5. Ako = I
6. Ikaw = you
7. Sarap! = delicious!
8. Paumanhin = sorry, excuse me
9. Paalam = farewell (good bye)

Sapaan yang iasa dipakai dalam kehidupan sehari-hari
1. Magandang araw = beautiful day
2. Magandang tanghali = good noon
3. Magandang umaga = good morning
4. Magandang hapon = good afternoon
5. Magandang gabi = good evening
6. Mahal kita = i love you
7. Sarap nito = this is delicious
8. Maligayang bati = happy birthday
9. Ayow ko = i don't want/ i don't like
10. Gusto ko 'to = i want this/ i like this 
11. Sandali lang = just a moment
12. Ingat ka = take care
13. Aalis na ako = i'm leaving now
14. Pasensya ka na = sorry, bear with me

Kosa kata yng biasa dibutuhkan untuk yang ingin pergi liburan ke philipina
1. Sean? = where?
2. Pakituro = please point
3. Mangkano? = how much?
4. Pakisulat = pleale write
5. Pwede = possible
6. Huwag = don't
7. Pulis = police
8. Saklolo = help
9. Banyo = bathroom
10. Salamat = thank you
11. Paumanhin = sorry
12. Ewan ko = I don't know
13. Tara na = let's go
14. Ikaw rin = you too
15. Teka = wait
16. Mabuti = fine 

To be continued......